Emanuel Bączkowski jest absolwentem Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie, gdzie ukończył Wydział Instrumentalny (organy) oraz Wydział Dyrygentury Chóralnej, Edukacji Muzycznej, Muzyki Kościelnej, Rytmiki i Tańca (specjalność muzyka kościelna: dyplom z zakresu dyrygentury, śpiewu solowego i akompaniamentu liturgicznego). Studiował organy i kompozycję organową w Conservatorio di Musica Santa Cecylia w Rzymie. Odbył dwuletni staż artystyczny na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie. Absolwent studiów menadżerskich na Wydziale Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego. Obecnie pracuje nad dysertacją doktorską z zakresu polskiej muzyki organowej II połowy XX wieku.
Występował wielokrotnie w ramach europejskich i międzynarodowych festiwali muzycznych. Koncertuje jako solista i kameralista. Jest organistą tytularnym Kościoła Środowisk Twórczych w Warszawie. Uczestnik Międzynarodowych Sesji Naukowych w Warszawie (UMFC), Rzymie (Conservatorio S. Cecylia), Paryżu (UNESCO) i innych. Organizator wielu koncertów i wieczorów poetyckich realizowanych przy współpracy z Filharmonią Narodową, Teatrem Narodowym, Teatrem Wielkim, Operą Narodową, Operą Kameralną, Teatrem Żydowskim oraz Telewizją Polską. Z okazji dwudziestolecia kongresu polsko-niemieckiego w Kolonii wykonał specjalny recital organowy, a wraz z solistami i chórem opery kolońskiej współtworzył uroczystą liturgię. Każdego roku w sezonie letnim koncertuje na organach im. Jana Pawła II w Bazylice Licheńskiej, gdzie w 2007 roku wykonał recital dla JE kard. Tarcisio Bertone z Watykanu, a w 2012 roku dla JE Prymasa Katalonii. W bazylikach rzymskich wykonał cykl recitali tematycznie związany z Bożym Narodzeniem i Wielkim Postem, promujących polską muzykę organową takich twórców, jak St. Moniuszko, F. Nowowiejski, F. Rączkowski i M. Sawa.
Płytę DVD z zapisem prawykonania koncertu na organy solo Mariana Sawy wręczył Jego Świątobliwości Ojcu Świętemu Benedyktowi XVI podczas osobistej audiencji w Watykanie. Twórca hejnału na odsłonięcie obrazu Jezusa Miłosiernego w Busku-Zdroju.
